出口食品生产企业应当建立和实施以危害分析和预防控制措施为核心的食品安全卫生控制体系，该体系还应当包括食品防护计划。出口食品生产企业应当保证食品安全卫生控制体系有效运行，确保出口食品生产、加工、储存过程持续符合我国相关法律法规和出口食品生产企业安全卫生要求，以及进口国（地区）相关法律法规要求。 申请人通过“中国出口食品生产企业备案管理系统”向企业所在地海关申请备案。
主管海关对申请人提交的备案材料进行初步审查，材料齐全并符合法定形式的，予以受理；材料不齐全或者不符合法定形式的，告知出口食品生产企业需要补正的内容。
主管海关自受理备案申请之日起20个工作日内做出决定。准予备案的，自作出决定之日起10日内，通过中国出口食品生产企业备案管理系统发放《出口食品生产企业备案证明》，有效期5年；不予备案的，对企业进行书面告知。