铁碳填料对废水的处理效果越来越显著，制药中的废水杂质多、危害大、难降解，因此铁碳填料曝气量对处理制药废水有着非常大的作用：
在微电解设备过程中进行曝气，可以增强废水流动性，增加其与铁碳填料的接触概率，由此产生的空气与水力剪切力，有利于去除铁碳填料表面的钝化膜，进而提高出水絮凝效果。带式曝气量过大则会导致废水与填料的接触时间减少，从而降低污染物的去除率。
大量研究表明，采用内循环的微氧曝气方式，使得微电解设备内部形成缺氧条件，制药废水经微电解处理后其可生化性能大幅度提高，总磷也得到一定的去除，出水铁离子浓度在15~30mg/L，有利于提高后续微生物反应器中的污泥浓度，改善污泥的稳定性及其分离效果。但在强曝气条件下，虽然微电解法具有强化絮凝效果，但是对铁碳填料中的铁元素消耗大，缩短了填料的寿命，预处理出水中的铁离子浓度也会偏高，将影响后续的生化处理。