微生物菌肥应具有多种功能，既要能活化土壤，还要能抑制病害发生以及养护根系：有提供或活化养分功能、有产生促进作物生长活性物质的能力、有促进有机物料腐熟的功能、有改善农产品品质的功能、能提高作物抗逆性，最重要的是能改良和修复土壤。
微生物菌肥的使用方法
1、育苗时开始使用
提前一天，浸种十五分钟至半个小时，然后阴凉处晾干。提前一二天，均匀混拌育苗基质，略蘸小水浇洒，让菌剂提前定殖繁殖生长。覆盖薄膜，以免杂菌混入。
微生物菌肥越早使用越好，为什么这样说呢？因为微生物菌肥当中含有的有益菌，可以促进土壤中有益菌的繁殖，抑制杂菌的生长，对土壤的理化性质起到很好的改善作用，并且能够改善土壤因长期使用化肥而造成的板结、酸化、盐渍化等一系列问题。
另外，微生物菌肥还能提高作物的抗逆能力，提高作物抗病虫害能力。所以在育苗期就开始使用生物菌肥，对作物的病虫害可以起到很好的预防的作用，间接减少因病虫害而造成的经济损失。
2、定植期穴施或沟施
在定植期，以穴施为佳，均匀混拌麦麸、碎磨稻糠、豆粕等有机质，若少量添加玉米粉、黄豆粉尤佳（为避免豆粕等有机质烧苗，尽量使用腐熟过并添加晒干的泥土）。施入后及时覆土。
微生物菌肥为什么穴施效果好？作物的生长离不开营养物质，而作物叶片光合作用供给的营养只占很少一部分，大部分的营养供给都是来自作物的根系吸收。所以保证根系的生长及根系周围土壤环境健康是十分有必要的。只有保证了根系周围土壤环境营养丰富，有机质充足，才能保证根系很好地生长，为作物提供全生长周期的营养需求。
3、混拌底肥、有机质旋耕进土下
若使用微生物菌肥，建议加倍用量，旋耕下底肥时使用。
微生物菌肥是含有活菌的生物性肥料在施用时注意事项
第一、要早施。微生物菌肥施入土壤后，在适宜条件下要迅速、大量繁殖，它们就象成千上万个小“肥料厂”一样源源不断地向作物提供营养。
第二、施用时离作物的根系越近越好，这样有利于作物吸收营养。而且真正的微生物菌肥不烧根、不烧苗。
第三、微生物菌肥可拌种、底施、追施。拌种时应在室内或阴凉处进行，以防阳光直射（因为太阳光中的紫外线可杀死微生物肥料中的有效菌）。底施、追施要及时覆土或浇水。
第四、微生物菌肥不能与（过碱性肥料）草木灰、碳酸氢铵混合施用，与其他化学肥料混用要现混现用。
第五、微生物菌肥与适量的氮、磷、钾、有机肥及微量元素配合施用，更能提高肥效。这是因为在微生物肥料发挥作用之前，作物和微生物还需要补充营养，特别是在早期施用少量氮、磷、钾肥，对幼苗生长有良好的效果。而有机肥则是微生物生命活动的重要能量来源。
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