一套完整的滴灌系统的稳定运行，除了与产品、施工质量有关外。还有很重要的一点，便是灌溉系统的合理使用及维护。
滴灌系统使用时需注意的事项：
1、 定期检查过滤器，每次灌溉后做到排沙冲洗，如发现滤网破坏时及时更换新滤网。
2、滴灌系统使用时，应先打开支管上的阀门，使滴头能够出水；在此基础上逐级打开上一级管道阀门，以保证灌溉系统各个部分的安全。
3、严格控制滴灌系统的的工作水头，一般为MPa，水头不可超压或过低，否则影响灌溉质量。灌溉要按计划轮灌区进行，在前后轮灌区切换时，阀门开关应先开下一轮灌区的，后关上一轮灌区的。
4、施肥器的使用。大田一般采用施肥罐进行施肥，小面积灌溉施肥可采用文丘里施肥器（阀）进行施肥。采用施肥罐（器）施用的化肥应选择易溶、速溶肥，或提前一天将固体化肥溶解使用。作物施肥时，将稀释过的肥料装入施肥罐，之后封闭罐盖，然后调节施肥专用阀门（常用蝶阀控制），使阀门前、后管道内的水产生一定压差，开启施肥阀旁的两个调节阀，从而使肥料进入输水管道中，随水流向作物根部。
5、灌溉结束后，关闭滴灌系统时，首先应关闭水泵等动力系统，然后由上到下逐级关闭各级阀门。开关阀门时应缓慢转动，严禁速度过快，防止管道内产生水锤现象，损坏管道和机泵。
6、安装完成后，初次使用滴灌系统应当打开支管及滴管带（管）末端堵头冲洗1-3分钟。滴灌系统每使用5次也应当按此方法清洗管道一次。
7、 滴灌管（带）为薄壁管，收放时不可用力拉扯扭曲，以延长使用寿命。
8、在非灌溉季节，应当及时的排空输配水管网中的积水，防止冬季因气温寒冷冻着管道，影响正常使用。