一、证书性质不同
在财会领域，主要包括两类证书，一是职称类证书，二是资格类证书。像初级会计师就属于职称类证书，而注册会计师就属于资格类证书。职称和资格的区别主要是在于，前者只能做账，而不能进行审计；后者既能做账又能审计。
二、发展方向不同
注册会计师和初级会计师是属于两个不同的行业，初级会计师从事的是会计行业，注册会计师从事的是审计行业。
对从事会计行业的人员来说，薪资和学历、经验和职称级别有密切相关的联系。对会计人员来说，提升自己的能力，考考个高级别的职称证书，比如中级会计师、高级会计师，对之后的升职加薪将会更有帮助。
对打算从事审计行业的人员来说，注会证本身就具备了较高的含金量，能考取注册会计师证书，这在财会领域将更容易得到同行人的认可。注册会计师在我国仍属于稀缺性的人才，不少会计师事务所很欢迎持有注会证书者的加入。
三、考试难度不同
注会考试有专业阶段和综合阶段，我们需要先在连续5个考试年度内通过专业阶段6门考试科目后，再来报考综合阶段。考试科目实行的是“6+1”模式，是指专业阶段考试6门考试科目——“会计、审计、财务成本管理、公司战略与风险管理、经济法、税法”，和综合阶段1门考试科目——“职业能力综合测试（试卷一、试卷二）”。初级会计职称的考试科目为初级会计实务和经济法基础，要求考生一次通过考试。
不管是从知识点的理解上，还是从考试科目的难度情况来看，注册会计师考试要更难于初级会计师。
在现实中，取消了会计从业资格证书之后，初级就被视为进入财会行业的“门槛”，但是要想获得更为长远的职业发展。