在罗马时代，农民就发现在种植过豆科植物的大田里种植谷类作物时，其产量有所提高，因此，就注意到细菌能增富农业土壤中的营养。直至19世纪，德国的苜蓿种植者和美国的一些大豆种植者，他们利用苜蓿田或大豆田的土壤，转移接种至新的农田，从而使作物产量得到提高。1838年，法国农业化学家布森高（J.B.Boussingault）发现了豆科植物能固定氮.
有机肥狭义的概念，专指以各种动物废弃物（包括动物粪便；动物加工废弃物）和植物残体（饼肥类；作物秸秆；落叶；枯枝；草炭等），采用物理、化学、生物或三者兼有的处理技术，经过一定的加工工艺（包括但不限于堆制；高温；厌氧等），消除其中的有害物质（病原菌、病虫卵害、杂草种籽等）达到无害化标准而形成的，符合国家相关标准（NY及法规的一类肥料。
有机肥料的范围广，其来源广泛，品种繁多，按有机肥相同或相似的产生环境或施用条件，类似的性质功能和积制方法大致分为：粪尿肥、堆沤肥、秸杆肥、绿肥、土杂肥、微生物肥料等几大类。
增施有机肥可增产是因为有机肥中含有有机质和腐殖质，它能改善土壤结构，提高土壤肥力，增加土壤温度、透气性及保水能力，为作物提供所需养分，从而改善作物品质，促进其高产稳产。