区别一：涉及的对象不同
报关涉及的对象可分为进出境的运输工具和货物、物品两大类。由于性质不同，其报关程序各异。运输工具如船舶、飞机等通常应由船长、机长签署到达、离境报关单，交验载货清单、空运、海运单等单证向海关申报，作为海关对装卸货物和上下旅客实施监管的依据。
报检涉及的对象指出口前产品的生产、经营部门或进口商品的收货、用货或代理核运部门按照《进出口商品检验法实施条例》的规定，向商检机构申请办理检验、鉴定手续。
区别二：出现的顺序存在先后
一般来说，报检是先于报关的，只有在商检部门检验完毕，确认无误之后，海关才会接受报关申请，而之后，才是审单征税放行等措施。当然，在实际的工作中，并不是所有的出口商品都需要经过报检，一般只有国家规定的一些需要报检的商品才必须要经过报检，但是所有的进出口商品却都是需要报关的。
一般情况下，先报检完成，在商检部门确认无误后，海关才会接受货主的报关申请，然后才是一系列的审单、放行等环节。但在实际应用时，不是所有的货物都需要报检，只有一些国家明确规定的货物才必须进行报检，但所有进出口的货物都必须报关，这点是毋庸置疑的。
区别三：单位不同
报关单位是指在海关注册登记或经海关批准，向海关办理进出口货物报关纳税等海关事务的境内法人或其他组织。
中国《海关法》规定：“进出口货物收发货人、报关企业办理报关手续，必须依法经海关注册登记。报关人员必须依法取得报关资格。未依法经海关注册登记的企业和未依法取得报关从业资格的人员，不得从事报关业务”。
报检单位是商检机构，向商检机构申请办理检验、鉴定手续，报验人办理报验时要填制“报验申请单”，并提交买卖合同、信用证、往来函电等有关资料。