葱蝇和金龟子幼虫均是腐食性昆虫，未充分腐熟的粪肥常常指引葱蝇、金龟子成虫产卵。因此，在种植大葱、大蒜等作物时，使用粪肥必须充分腐熟，并避免撒在地表上。对于大对数作物来讲，植株嫩绿，行间郁闭，可诱发蚜虫、红蜘蛛、查黄螨等。因此，有机肥的无害化处理，也是蔬菜生产中一项十分重要的工作。
在有机肥比较充足的田块，若缺少水分，则易遭受种蝇、葱蝇的危害。因此，根据不用蔬菜对肥料的需求，合理施肥浇水，注意氮、磷、钾的适当配合，是防治病虫害的有效措施。
此外，还应根据病虫害的发生种类和规律来确定适当的蔬菜种植密度。过于稀植的地块光能利用率低，作物群体的单位面积产量低，且有利于杂草生长。过于密植，则田间气候相对湿度、光照不足，形成郁闭环境，使作物光合作用的效率低。植株徒长，茎干纤细，生长不良，抗病性差，容易受病虫害入侵。
从以上介绍中，我们可以得知，有机肥施用效果对蔬菜生长来说是效果比较好的，但是有机肥要经过无害化处理，也就是常说的高温发酵腐熟，经过高温发酵腐熟的有机肥，才能完全杀死病虫卵，防治病虫害的发生。往往在家中自己发酵的有机肥温度达不到，病虫卵依旧存在，这样的肥料施在田地里，会对蔬菜农作物造成危害。