是由于服用小分子活性肽的人血流量增强，硬化萎缩，瘀堵的微血管开始恢复弹性，后面推，前面堵，会牵拉周围的组织，就会反映疼痛，有的人反应强烈，有的人反应弱。
（1）局部肌肉酸痛，胀痛，刺痛，这是肌肉微循环严重堵塞。
（2）关于胯骨，颈椎，腰椎，酸痛，刺痛，痛无定处，这是关节炎， 风湿性，类风湿性、股骨头炎的一种表现，越痛说明越严重。
（3）意想不到的局部出现疼痛，说明这个部位有淤积。
（4）全身无力，全身酸痛，或者发烧，这是月子病，风湿类疾病，心脏病，痛风病的反应。巨噬细胞吞噬病毒的能力增强了，机体应变能力差，暂时不能适合新的平衡。
（5）头痛，这是脑血管萎缩，微循环瘀堵，脑肿瘤，脑神经功能不稳定的反映，微血管恢复弹性时，改变了周围组织的形态。
（6）小腹疼痛，胀痛，极不舒服，这是原来有盆腔炎，子宫位置不正，子宫肌瘤，子宫内膜异位，宫颈炎，阴道炎等的反映。
（7）手足疼痛，这是末梢神经，微循环恢复的反映。
（8）抽筋，腹部等部位酸痛加腹部疼痛：这是糖尿病或者胰腺炎等病人的反映。
（9）腰疼，腰胀，腰酸：肾不好，肾炎，肾结石，膀胱结石，输尿管结石，输卵管，子宫肌瘤等疾病的反应，是活血化瘀，结石松动，血管恢复弹性的一种表现。
（10）胃痛并伴有呕吐、胀、排气多，这是胃病，胆汁返流性胃炎，萎缩性胃炎，浅表性胃炎，胃溃疡等的反映，这是一种修复，排毒，提高胃功能的一种表现。
（11）胆汁区疼痛：未保健及调理而疼痛者，情况不妙，必须检查。用保健及调理而疼痛者，这是疏通的表现，原来瘀堵的血管，肝组织被疏通和分解，逐渐恢复功能的一种表现。