保护地栽培施肥要重施基肥。基肥要以充分腐熟的优质有机肥为主，禁止使用未腐熟的农家肥，特别是未腐熟的饼肥、禽粪和人粪尿等。
保护地栽培在化肥使用上，不能使用具有挥发xing的氮肥品种和副成分较高的肥料，避免作物叶片或根系收到上海，对氮肥的施用应掌握少量多次，轻施肥的原则。追施时应结合浇水或开沟或点穴深施。要避免长期单一使用某种生理酸xing或生理碱xing肥料品种，实行生理酸xing和生理碱xing肥料搭配或交替使用。
保护地条件下的土壤比较疏松，地温高，透气xing微生物活跃，土壤有机质矿化进程加快，优质有机肥施用量不足，造成土壤有机质资源补充不够。土壤有机质含量随着保护地栽培时间的延长，逐渐下降，防治措施是注重增施富含有机质的有机肥料，实行保护地免耕休耕，合理耕作换茬。