辟谷是对身体做一次全身的“大扫除”，而且被认为是最彻底的排毒方法。综合而言，主要有以下几点原因：
（1）
现代的各种食物，多少都含有农药、防腐剂等有害物质。辟谷之时，也就是中止毒素入口之时。正如在清洁都市水系统和清除所有阻塞了的滤清器之前，要先把供水切断一样。辟谷正是停止食物源进入身体、给身体一个自动清洁它自己的机会。
（2）
辟谷期间，大小肠由于蠕动量减少，容易振动摩擦肠壁，迫使折叠、拐弯处长年积累的宿便脱落，陆续排出体外。
（3）
身体细胞都有吸收营养和排泄废物的功能，在辟谷时，身体会继续工作和消化体内累积、过剩的废物，并排出体外。
（4）
引起疾病的细菌和病毒，以及体内的异物，也都需要靠空气、食物、水赖以生存，它们的生命力比人的生命力弱得多。在辟谷的条件下，肠管及体内的细菌由于断绝了食物来源，其繁殖力降低，发酵腐败产生的毒素也会相应地减少。
（5）
辟谷时身体加速分解、转化并排泄掉体内衰老、死亡、变异、突变的组织细胞，实际上是对身体实施了一次不用手术刀的大清扫。而且，辟谷时身体是从消耗最下等的物质开始的，例如死亡细胞、肿瘤细胞和脂肪沉积物，这种现象等于是“焚烧垃圾”。
（6）
对通常意义上废物、粪便的排除，也是对内脏的大清洗。就好比汽车要清洗机油，空调的过滤器要换一样，我们的体内有成千上万公里的“管子和过滤器”，用久了，管子内壁和过滤器上都会有毒素及沉淀，如果从不清洗，沉淀物就会越来越多。这些毒素不会消失，它们会堵塞我们的内脏、毛孔和动脉，引起疾病。而辟谷可以消灭这些沉淀物。
综上所述，辟谷是最彻底的排毒方法，但排毒的快慢深浅因人而异，因此要有耐心，不可急于求成。