番茄上容易发生的病害虽然很多，但这些病害的发生都有特定的环境，如病毒病在高温干燥的条件下容易发生，灰霉病在低温高湿的环境下容易发生等。因此，在番茄的病害防治上应根据不同时期，不同季节采取侧重的防治措施进行防治。
1、苗期防徒长，防病毒病
秋茬番茄育苗期处于夏季高温时期，由于温度高，苗子密度大，若管理不合理，很容易使幼苗发生徒长，从而影响到后期的开花结果。因此，番茄苗期一定要控棵，育壮苗。可通过常规方法控湿、遮光降温等措施控制苗子的长势，还可通过青枯立克、沃丰素叶面喷施或灌根的方式进行，能够起到蹲苗控旺的效果。晴天中午在苗床上覆盖遮阳网，避免高温强光照危害，在其他时间应尽可能地通风透光，避免弱光造成小苗徒长。
病毒病的防治一定要从苗期入手，在防住害虫的同时为作物补充硫酸锌、硝酸钙、维生素C等营养物质，可提高作物的抗病毒能力。花果期出现病毒病可使用TY病毒1号喷雾、灌根进行防治。
2、开花结果前防“烂根茎”
“烂根茎”主要有根腐病和疫病，若在阴雨天气较多的情况下，这两种病发生特别严重。这两种都是土传病害，以防为主。在番茄定植缓苗后，可用青枯立克+地力旺+沃丰素灌根，也可同时喷雾，预防根腐病和疫病的发生，灌根1-2次，基本上可以防住烂根发生。发现病情后，用青枯立克+大蒜油进行喷雾+灌根，连用2-3次，间隔2-3天；病情严重的可复配其它化学药。
此期要控水控湿，防止湿度过大引发病害，在降雨前，还要做好防雨措施，防止雨水进入大棚，影响番茄的生长。
3、开花结果期防细菌性病害和叶斑病
秋茬番茄进入开花结果期后，细菌性病害流行，在管理上重点防治。如细菌性溃疡病可用 发现病情后，使用细截或靓果安+青枯立克+大蒜油+沃丰素+有机硅进行喷雾+灌根，连用2-3次，间隔2-3天（喷雾需要1天喷1次，连续喷雾3天）；病情严重的复配其它化学药。
番茄青枯病可用上述药剂进行灌根、喷雾防治，对于叶斑病如灰斑病、芝麻斑、圆斑病等病害可使用速净或靓果安+沃丰素+大蒜油叶面喷雾进行防治。
4、结果盛期养叶护根
随着季节变化，气温逐渐下降，番茄也逐渐进入结果盛期，此时由于气温较低已扣棚盖帘，棚内湿度较大，在加强棚室环境控制的同时重防叶霉病、灰霉病和早晚疫病，保叶、保果以保证番茄正常收货。同时，此期施肥应注意多用些腐殖酸或微生物菌剂地力旺，以促进根系生长，保持土壤温度。