港珠澳大桥将采取“三地三检”的通关模式，其中珠澳之间采取“合作查验、一次放行”的新模式。除粤港两地牌、粤澳两地牌和港籍单牌车辆外，内地车辆通过办理私家车一次性配额申请也可上港珠澳大桥。
港珠澳车牌申请指标分为两类，一类是内地进入香港，一类是香港进入内地。
申请从内地经港珠澳大桥进入香港的私家车办理的条件有两个，一是在广东省内通过核准手续的国有企业、私营企业、集体企业和民营企业等等；二是在三年内（含申办当年）纳税累计100万元人民币以上，可以申请一辆从内地进入经港珠澳大桥通往香港的车辆。
港珠澳大桥车牌申请名额一直是许多申请人十分关注的问题，根据港珠澳大桥发布的通知，第一批杠着啊大桥车牌放出的申请名额超过一万个，表面上看，似乎一万个申请名额已经不少了，但是对于申请者来说，还是不够，由于目前是政策红利期，符合港珠澳大桥车牌办理条件的人很多，因此申请办理港珠澳大桥车牌的人络绎不绝，不过几个月的时间，港珠澳大桥车牌一万个申请名额就已经被抢光，今年4月10号，交管局不得不发通告表示，港珠澳大桥车牌申请名额已经用完，现暂停申请审批。由此可见，港珠澳大桥车牌的人气有多高了。