人工打捞藻类；
晴天上午于下风口多次泼洒硫酸铜、硫酸铁合剂杀灭藻类；
有条件养殖户可通过换水，利用潜水泵将集中于下风口的藻类排除，加注相临鱼池水质较好的水；
施肥，微囊藻、甲藻为优势种的水体多施磷肥少施氮肥，而三毛金藻为优势种水体施硫酸铵为；
经常开增氧机，通过暴气散发有毒气体。亦可采用具有增氧漂白作用的增氧剂。
水体蓝绿藻水华
高温季节，随着投饵量的不断增多，残饵、粪便、鱼类自身代谢产物的不断进入使得池塘封闭水体富营养化。尤其在强碱性和高氮低磷的养殖水体，更容易出现蓝绿藻类水华。形成蓝绿藻水华的水体表面往往形成一层绿色的油膜，以云斑状、带状在水面上漂浮，并有难闻的臭味。养殖户称之为“老绿水”。在生长良好的池塘中浮游植物量一般应在100mgL以内，100mgL大致是鞭毛藻池水“肥水”和“老水”的分界线。而蓝藻塘的“肥水”，浮游植物的生物量往往超过200mgL。
一旦水体出现蓝绿藻水华，可采用如下处理措施：
加大换水量，将表层的肥水换掉；
在晴天中午机械增氧；
控制投饲施肥。减少投饲量，尽量不投散料、粉料，避免饱食排泄和饲料散失而肥水；
不或少施氮肥适当施用磷肥，加速喜磷的硅藻类优势种群形成，抑制蓝绿藻的繁殖；
使用螯合铜浓度0.6－1.0gm3，以改进传统使用硫酸铜杀藻的办法；使用0.7ppm双硫合剂在晴天上午于下风口泼洒，以防因浮游植物缺氧死亡而坏水；
生态防治。放养适量的罗非鱼或花白鲢，摄食利用蓝绿藻；移植水生植物如水葫芦等减少水体肥度；
在高温季节抑制蓝绿藻不可用生石灰。