生物制药、化学制药、其他植物提取、生物制品及制剂生产过程伴有各种生产工艺和生产方式，复杂性生产工艺和多样性生产方式决定了制药废水产生多样性的特点。
1 主生产过程排水
此排水是最重要的一类制药废水，包括废滤液、废母液（从滤液中提取药物）、溶剂回收残液等，该制药废水浓度高、酸碱性和温度变化大，药物残留是此类制药废水的特点，虽然水量未必很大，但是其中污染物含量高，对全部制药废水中的COD贡献比例大，处理难度大。
2辅助过程排水
包括工艺冷却水（如发酵罐、消毒设备冷却水）、动力设备冷却水（如空气压缩机冷却水、制冷机冷却水）、循环冷却水系统排水、水环真空设备排水、去离子水制备过程排水，蒸馏（加热）设备冷凝水等，此类废水污染物浓度低，但水量大，并且季节性强，企业间差异大，此类废水也是近年来企业节水的目标。需要注意的是，一些水环真空设备排水含有溶剂，COD浓度高。
3冲洗水
包括容器设备冲洗水（如发酵罐冲洗水）、过滤设备冲洗水、树脂柱（罐）冲洗水、地面冲洗水等。其中：过滤设备冲洗水（如板框过滤机、转鼓过滤机等过滤设备冲洗水）污染物浓度也很高，主要是悬浮物，如果控制不当，也会成为重要污染；树脂柱（罐）冲洗水水量也比较大，初期冲洗水污染物浓度高，并且酸碱性变化大，也是一类重要制药废水。