有机食品生产的主要肥源是有机肥，它不仅营养全面，肥效持久，而且能 改善土壤结构，增加土壤中有机质含量。在施用农家有机肥时必须高温沤翻，达到无害化卫生标准。使用无机肥时要考虑土壤中氮磷钾含量，合理施用，决定不可过量施用氮肥。应适当使用微生物肥料和其他无机矿物质肥料、微肥等。新型肥料必须经国家有关部门登记认证后方可使用。
主要使用本系统生产的、经过1-6个月充分腐熟的有机肥料，包括没有污染的绿肥和作物残体、泥炭等类似物质以及经过堆积处理的食物和林业副产品。经过高温堆肥等方法处理后，没有虫害、寄生虫和传染病的人粪尿和禽畜粪便可作为有机肥料使用。也可以使用系统外未受污染的有机肥料，但应有计划的逐步减少使用数量。
每亩施用腐熟的有机肥料，不少于5000Kg或施用豆科绿肥等。用有机肥生产果蔬，成本较低，产品品质优良，风味好，并有利于生态平衡。目前化肥用量太多，尤以无机氮zui 多，造成植物体内硝酸盐大量积累，且引起土壤酸化，破坏土壤结构，也污染地下水。
针对植物的生长发育，科学施肥，合理灌水，减少生理病害发生，提高果树的抗病虫能力。在施用有机肥（如高温堆肥）和生物菌肥的基础上，辅助少量磷、钾肥作追肥，尽量避免施用氮肥的土壤培肥制度。
提倡用平衡施肥管理、早期苗床准备和预先打穴、地面覆盖结合限制杂草生长发育的栽培技术（轮作、绿肥、休闲）等措施以及机械、电力、热除草和微生物除草剂等方法来控制和除掉杂草。可以使用塑料薄膜覆盖方法除草，但要避免把农膜残留在土壤中。
施用正规厂家有机肥是必要，源海生物有机肥成立多年有着成熟的生产线，优质的产品，是可以信赖的有机肥厂家。