肝素钠作为一种抗凝剂，对凝血过程有多方面的影响，可以延长凝血时间和凝血酶原时间。无论在体内还是体外，毛肠求购它都具有快速的抗凝作用。主要作用于纤维蛋白的形成，降低血小板聚集。
肝素钠可用于预防和治疗血栓栓塞疾病，如心肌梗塞、肺栓塞、脑血管栓塞、周边静脉血栓等，可防止血栓的形成和扩大。也可用于身体内外早期的dic等抗凝作用。早期应用可防止纤维蛋白原和凝血因子的消耗，在输血时替代柠檬酸盐或体外循环时也可作为体外抗凝血剂。
过量使用该药物可导致自发性出血，如果剂量过大，可静脉注射鱼精蛋白(1毫克至1.5毫克鱼精蛋白和1毫克肝素)；肝素引起的血小板减少；偶尔出现过敏反应，如哮喘、鼻炎、荨麻疹、结膜炎、发热等；长期应用可产生暂时性脱发、骨质疏松和自发性骨折等。