制药废水的处理方法主要有生化法，芬顿法与混凝沉淀法、吸附法等等，由于制药废水的成本非常复杂，PH不稳定。对于制药废水COD处理效果比较好，应用比较广泛的便是芬顿法（硫酸亚铁+双氧水）与混凝法（聚合硫酸铁）+生化法处理。
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制药废水的高cod单独采用生化法是很难达标的，所以通常在生化前会先通过物化法进行预处理。物化法多采用聚合硫酸铁混凝剂进行投加，因为聚合硫酸铁对COD的去除条件与效果好，以及其它混凝沉降，脱色除浊效果都要优于其它混凝剂，所以在制药废水COD的去除中多采用聚合硫酸铁进行混凝沉淀。
制药废水物化预处理包括设置调节池进行酸碱调节(因为其废水PH值不稳定），一般通过投加石灰碱剂或硫酸调节好PH值后。再通过投加聚合硫酸铁格栅、筛网、混凝沉淀、还原氧化等物化方法大量降低水中非可溶性COD,悬浮物与其它有机物，减少对微生物有抑制、杀死作用的物质进入生化池中，影响微生物生长及其生化处理率，提高后续废水的可生化性。另外，对于采用预处理-厌氧-好氧-后处理等工艺中，聚合硫酸铁更多的是应用于后处理中。
永顺聚合硫酸铁在制药废水中水解后，在曝气等搅拌的作用下会其带电离子与水中悬浮颗粒相互碰撞，破坏有机物等物质在废水中的悬浮稳定性，使其相互凝聚，另外聚铁溶解后所形成的大量Fe3+会形成以三价铁离子为中心的胶凝体，并且它还会形成大量具有强吸附作用多核络合物也会将水中的非可溶性COD进行吸附网捕，使废水中的难降解r的有机物及有毒物质聚集在一起。从而改善废水的生物降解性能,cod去除率达到90%。
有许多企业采用芬顿试剂处理废水（硫酸亚铁+双氧水）其对COD的去除率可高达92%左右，不过成本相对较高。大多数制药废水会通过聚合硫酸铁絮凝沉淀+水解酸化+SBR工艺，聚合硫酸铁产生的污泥泥量较少。
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