在菌肥中，应用最广泛的是细菌，细菌中的芽孢杆菌是菌肥中重要的组成部分，芽孢杆菌中常用于做菌肥生产的有巨大芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌和胶质芽孢杆菌等。巨大芽孢杆菌可以用来生产解磷固钾肥，具有很好的降解土壤中有机磷的功效;枯草芽孢杆菌主要应用来发酵腐熟各类有机肥(粪肥);胶质芽胞杆菌又叫硅酸盐细菌，能分解硅谷酸盐和铝硅酸盐组成的含钾矿物，具有溶磷、释钾和固氮功能。菌体能通过自身代谢，产生有机酸、激素等多种有利于植物吸收和利用的物质，同时也抑制其他病原菌的生长。
另外，菌肥生产常用的菌种还有放线菌、酵母菌以及固氮菌等，放线菌能够合成杀灭有害细菌的抗生素，自身分泌物能够促进蔬菜根系生长。酵母菌可用于有机肥发酵;固氮菌能够固定空气中的氮素，提高土壤的营养水平，减少化肥用量。
我们使用菌肥的用途不一样，所选择的生物菌种类也不一样，有的用来腐熟有机肥，避免烧根，如微生物发酵剂;有的能够产生抗生素，抑制根际周围有害菌，避免根部病害侵染，同时增强根系功能等等，如激抗菌微生物菌剂等。我们应该根据生物菌肥的种类，合理选择生物菌肥。
1、办理全国范围内农业部颁发水溶肥，菌肥系列登记证。
2、农业部水溶性肥料、菌肥系列肥料登记证临时证件续临时证件，临时续准字证件，准字证续准字证。
3、承接水溶肥，菌肥检测报告、毒理报告，（带样品）一个月内出报告带委托检验协议，承接山东省外小区实验报告。保证出合格的报告
4、办理国家化验员证，长期证，3个月左右下证
5、出租肥料登记证（农业部颁发的各种水溶肥登记证、菌肥登记证、大肥生产许可证）各种类肥料生产手续，品牌挂靠，肥料贴牌手续授权使用，解决本地人不认本地货，品牌线的空缺等企业化肥生产中的一切生产问题。
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