医院和企业合作共建下主要有三种模式，即股权合作模式、托管联营模式、资产租赁模式。
1、托管联营模式：医院将建好的消毒供应中心交付企业进行全面管理和市场营销，除承接医院本身业务外，还可承接周边其他医院业务。医院支付企业固定金额或中心盈利百分比作为企业托管服务费用。
2、租赁托管模式：医院将建好的消毒供应中心返租给企业使用，企业负责中心的全面管理，除承接医院本身业务外，还可承接周边其他医院业务。企业支付医院相关资产使用费用，并按照一定协议价格向医院收费消毒外包服务费用。
3、股权合作模式：医院利用现有消毒中心资产与企业共同组建公司，由公司统一管理消毒中心，除承接医院本身业务外，还可承接周边其他医院业务，双方按照股权比例享受分红。
上述三种院企合作模式如下，企业都会在当地成立一家具有独立法人资格的项目公司，通过项目公司与医院开展合作，存在合规性问题点都集中如下个方面：
1、双方的合作程序合规性：通过竞争性谈判、单一来源采购，甚至是公开招标形式，或是集中配送模式，可以确定双方合作程序、交易价格确定的合理、合规和合法性；
2、国有资产的保值及流失问题：在双方合作当中，医院的资产（场地）、使用时间进行准确的财务测算资产的使用价值或者入股价值，以体现医院资产的保值和安全性，无论是股权合作，还是资产租赁，都不会导致医院资产流失，以及造成医院承担损失。
3、成本的独立承担问题：企业使用到医院场地、水、电、气的时候，采用明确的按量按价计费，安装独立的能源使用计量装置，确保医院不变相为企业承担成本，不存在法律障碍。
4、编制人员的安置问题：保留医院编制职工与医院主体的稳定性。
