港珠澳车牌配额申请资格较其他口岸宽松，申请企业在广东省投资不设下限，只需与包括申请年度在内的三年内累计纳税十万元人民币以上；或列入国家高新技术企业名录也符合资格。个人申请者则须在广东省慈善捐款不少于五百万元人民币，对于一些华侨或者海外投资者也有相应的车指标配额。
港珠澳大桥电子不停车收费系统兼容香港和国标ETC标准及系统，采用基于5.8G（国标）和2.45G（港标）ETC收费技术；硬件上，大桥的主体工程实现了一处主线收费站的双向20条收费车道，均支持电子不停车收费（ETC）和人工收费（MTC）方式的创举。
港珠澳车牌申请条件：
1、境外投资者在广东省参与投资项目，纳税额达到10万以上即可申请1个入出内地的港粤两地车牌，纳税额达到50万以上的可申请办理2个出入内地的港粤两地车牌，纳税额达到100万以上的即可申请3辆。这是提到的纳税额是指三年累积的额度，申请年度包括在内
2、作为广东省的县级以上人大代表或者政协委员可提出申请1个出入内地的港粤两地车牌。
3、对广东省公益事业有杰出贡献的境外人士，即海外华人华侨，港澳台同胞。从改革开放以来为公益事业提供捐助款达到500万人民币以上的可申请办理1个经港珠澳大桥入出内地的车辆车牌。
4、列入国家高新技术企业名单的外资企业，有资格申请1个经港珠澳大桥口岸的港粤两地车牌。