莲塘口岸只设有2条小汽车出入境查验通道，通行能力为每日2000架次。受到口岸建设规划的限制，莲塘口岸开放初期只会发放2000个香港车来往内地的私家车两地牌指标。指标稀少程度高出沙头角及深圳湾中港车牌，仅次于皇岗及文锦渡口岸中港车牌。
莲塘口岸车牌申请条件
莲塘口岸粤港商务车指标申领条件同深圳湾口岸、沙头角口岸粤港商务车申领条件一样，到我省投资的国外、港澳台商户，其上一年度在我省纳税数额符合以下条件的，可以申办港澳入出内地商务车指标：
申办第1辆商务车指标的，上一年度纳税数额须达到15万元以上；
申办第2辆商务车指标的，上一年度的纳税数额须达到50万元以上；
申办第3辆商务车指标，上一年度的纳税数额须达到100万元以上；
从申办第4辆商务车指标起，上一年度的纳税数额每增加100万元即可增办1辆商务车指标，最多不超过15辆。