建设及运行费用
考虑建设与运行费用时，应以处理水达到水质标准为前提条件。在此前提下，工程建设及运行费用低的工艺流程应得到重视。此外，减少占地面积也是降低建设费用的重要措施。
工程施工难易程度
工程施工的难易程度也是选择工艺流程的影响因素之一。如地下水位高，地质条件差的地方，就不适宜选用深度大、施工难度高的处理构筑物。
当地的自然和社会条件
当地的地形、气候等自然条件也对废水处理流程的选择具有一定影响。如当地气候寒冷，则应采用在采取适当的技术措施后，在低温季节也能够正常运行，并保证取得达标水质的工艺。
当地的社会条件如原材料、水资源与电力供应等也是流程选择应当考虑的因素之一。
污水的水量
除水质外，污水的水量也是影响因素之一。对于水量、水质变化大的污水，应首先考虑采用抗冲击负荷能力强的工艺，或考虑设立调节池等缓冲设备以尽量减少不利影响。
处理过程是否产生新的矛盾
污水处理过程中应注意是否会造成二次污染问题。例如制药厂废水中含有大量有机物质（如苯、甲苯、溴素等），在曝气过程中会有有机废气排放，对周围大气环境造成影响；化肥厂造气废水在采用沉淀、冷却处理后循环利用，在冷却塔尾气中会含有化物，对大气造成污染；农药厂乐废水处理中，以碱化法降解，如采用石灰做碱化剂，产生的污泥会造成二次污染；印染或染料厂废水处理时，污泥的处置为重点考虑的问题。
总之，污水处理流程的选择应综合考虑各项因素，进行多种方案的技术经济比较才能得出结论。