那个部门应该有先期的如良好卫生操作规范类的文件，并且要符合法典委员会制订的“食品卫生规范法规”-《食品卫生的通用规则》的要求和其他食品安全的要求。HACCP的先期文件包括培训，应充分建立、运行，并且应验证其目的是为了促进HACCP体系的成功运用和执行。
对于各种食品企业，管理层的意识和承诺对于有效执行HACCP 体系是至关重要的。体系的有效性也将依靠管理层和员工对于HACCP 的理解和能力。
在制定和应用 HACCP 安全体系时……当产品，加工或其他任何方面中进行了更改时，HACCP的应用就应该受到检查和做出必要的改进。
HACCP 原理的应用应针对每个不同企业的实际情况。然而，政府部门和企业认为，这会阻碍不同企业对HACCP 原理的有效应用。这部分关系到小型和欠发展企业（SLDB）。针对不同企业灵活运用HACCP 是很重要，但同时要求所用的七大原理必须在HACCP 体系中体现。这种灵活性应考虑企业的类型和规模，应体现在操作的实际情况中，包括人员和资金来源、基础设施、操作规程和其它实际困难。
小型和欠发展企业不具有，始终制订和执行有效的HACCP计划的资源和专长。在这种情况下，应从其它渠道采用专家的意见，可能包括：贸易和工业伙伴、独立的专家和法规制订者。HACCP文献和特殊行业HACCP指南是有一定价值的。
专业的关于操作流程和类型的HACCP指南，可以对HACCP计划的制订和执行提供有效的帮助。在企业运用专业的HACCP指南时，必须充分考虑到食品和其生产过程的特殊性。特别是在SLDB中运行HACCP体系时，碰到的阻碍和解决的方法可在FAO/WHO制订的“特别在SLDB中应用HACCP的阻碍和解决方法的研究”中发现。
HACCP体系的运行效果是依靠管理层和员工对其的了解度和能力，所以恰当的持续培训对于所有级别的员工和经理是必须的。