豆芽长到第四天到第五天后，缸的顶部就开始出现大小不等的坏菜，症状各异，轻则有个别红根和腐烂，腐烂根呈现黄白色，有异味。重则整个缸顶部豆芽全部腐烂，豆芽难分眉眼，其味奇臭难闻。继续发展，豆芽就会刚刚预生催芽结束，即2厘米时就开始出现长长的红黑僵硬的主根，不再生长，继而发酸发臭。生产者装缸就烂，直至焦头烂额，不得不赔本停产。这就是豆芽生产者最为头痛的恶循环性烂缸，而此种烂缸很难根治，就算挪换生产场地，也不过出一两轮好菜，就又这样了。
原因：
1.清明前后，大地复苏，气温逐步回升，地温升高
2.有的地方自来水管道埋得太浅，水温达到25度以上。
3.清明时节泡豆时间应比冬季适当短些，如果泡豆时间稍长，就会产生拟杆菌属，导致烂菜现象。
处理措施：
1，一旦出现这种情况，圣洁消毒建议您2-3天对作坊彻底消毒一次。
消毒方法：
1.将作坊全部封闭后，对整个房间用圣洁青蛙豆芽环境消毒剂进行喷洒或者擦拭消毒，消毒后无需用水再次冲洗。
生产容器也要采取同样的方法进行处理。如果用机器或者淋水线生产的客户需要将淋水系统进行彻底消毒，废水的排放也要进行处理。
2，泡豆时豆种要进行消毒处理，解决豆种自身携带的病菌，来预防细菌繁殖带来的烂菜问题。对已经发生病害的豆芽，要在芽出全后，常规淋水时，要加入圣洁青蛙豆芽食品级消毒剂进行喷淋，以避免病菌的感染和蔓延。
使用以上两种方法，一般即可杜绝周期坏菜。
另外还需注意以下几点：
1，清明时节必须注意作坊的适当通风性，由于房间湿度大，加之气温回升较快，细菌繁殖加速，如果通风不良，更易导致多种病菌繁殖，为今后生产埋下隐患（有的细菌存活期长可达数月，应保持有规律的厂方消毒）。所以，随着气温的不断升高，应适当延长每日通风时间。
2，淋水也非常重要，排水孔太小，排水不畅，有反水现象就不好。芽温如果过高，确实降不下来，可以适当缩短淋水间隔时间，改六小时为五小时或四小时淋一次。（根据实际情况调整，每个地区不同）水量必须充足，以求达到降温目的，尤其是已经坏菜的，淋水量更应加倍，以保证做到降温和排污两个目的。
3，尽量少用抑制性药物或降低其使用浓度，如无根剂和增粗剂。