试剂配制室及样品处理室宜呈微正压，以防外界含核酸气溶胶的空气进入，造成污染；
可以通过控制进风风量大于排风风量达到正压效果。
核酸扩增室及产物分析室应呈微负压，以防含核酸的气溶胶扩散出去污染试剂与样品，可以通过控制排风风量大于进风风量达到负压效果。
在理想情况下，PCR实验室缓冲间内，可设置正压，使室内空气不流向室外，室外空气不流向室内。PCR实验室设置有新风系统排风井。
可设PCR内部专用走廊。需要指出的是在减少室内外空气交换方面，缓冲间比专用走廊更有意义。
实验室的墙体，包括顶棚，应结构牢固、气密性好；所有阴角宜采用圆弧形线条过渡；墙体内壁光洁、不吸附、耐腐蚀、易清洗消毒；地面材料应满足无缝隙、无渗漏、光洁、耐腐蚀的要求。
严格控制进出实验室的人员。与实验无关的人员不得随意进出实验室，正常情况下应设置独立的进出实验室大门，和实验室专用内走廊