小型污水处理设备处理系统与一般设备操作不同，当系统刚刚建立或经长时间停用后需重新投入运行时，须经过系动启动工作方能投入正常运行，本章节就系统启动等需注意有关事项进行描述，以指导操作人员正确使用本系统装置。
1 、系统启动前之检查 操作人员于系统启动之前应检查下列各项：
(1) 各项设备是否均润滑完毕。
(2) 检查各管道及阀门是否连接完善。
(3) 确认电力及自来水系统，并将 MCC 盘上所有之开关置于接通位置。
(4) 检查药槽中之化学药剂。
(5) 检查 PLC 之程式时间设定。
(6) 再次参考单机试车之报告。
2 、污泥培养 启动生物处理系统首要步骤是培养数量足够的细菌族群(污泥)并加以驯化，以便能够有效处理废水，当污泥尚未适应废水性质且数量不足以分解废水中有机污染物之前，处理出水往往不能达到设计排放标准。
虽然在污水中适当的细菌族群可以自然生长且增加数量，但通常需要一段相当长的时间，因此根据实际情况，或通过进入污水直接培养，或直接从其它污水处理厂“接种”污泥至新建系统为有效缩短污泥培养时间的极好的方法。