要确定番荔枝合理的施肥量，主要从树体本身的消耗、土壤的供给能力以及肥料的利用率等方面来考虑，才较科学。一般通过叶片营养分析来判断营养的盈亏，再通过施肥来加以调整。
番荔枝全年的施肥量相对较大，建议根据果树的生长阶段进行分次施用。
第一次在每年冬季修剪前后实行这次肥又叫基肥，以有机肥为主，掌握三条原则：即“深挖深放，重施，全施”。施入全部的有机肥及占全年总量80%的磷肥20%的氮钾肥。根据土壤酸碱状况也可混入石灰调酸增钙。
番荔枝第二次施肥一般于夏期果开花后的幼果期间(5~6月间)放全年用量氮肥35%，磷肥10%及钾肥的20%。
第三次施肥是在冬期果幼果期间(9~10月)进行，施用全年用量氮肥35%，磷肥的10%及钾肥35%。
第四次施肥为采前肥，在冬季果采收前(12月至翌年1月)施放全年肥用量的氮10%、钾肥25%。
在番荔枝二三次施肥的同时，可以追施叶面肥，促进果树的保花保果，昆仑风十二元素可有效增强植物光合作用和呼吸作用，促进叶绿体和线粒体生成、强根、壮苗、保花、保果、着色、膨果。
番荔枝有机肥料的施用建议施鸡粪、牛粪、豆饼及堆肥，使其缓缓分解，供果树利用。对4年生以上的番荔枝树每年每株施用鸡粪10千克，依树龄增加，可酌情增加施用量。