压缩机制冷型巴氏灭菌机有两个水箱，分别为热水箱跟冷水箱，侧面有表示水位的液压计，还有连接制冷压缩机的接口，接口处有制冷管。箱体上半部分有用来调控的电控箱。
奶罐可以定做，大多数是100或150型，上面有搅拌电机跟温度计，内部有用来搅拌鲜奶的搅拌尺，作用是使鲜奶不会糊底。罐体底部还有一个水接口，用来取灭菌完成的鲜奶。奶罐分三层，里面是盛奶层，中间灭菌层，外面保温层。
巴氏杀菌、灭菌方法普遍分为两种，一种是高温灭菌121℃，一种是低温灭菌（也就是巴氏灭菌），在85℃。如果牛奶加热到超过100℃，牛奶就会产生乳糖胶，会流失一大部分养分。所以牛奶灭菌一般会采用低温巴氏灭菌法来清除牛奶内的有害菌和芽孢，只需低温85℃加热半小时即可完成。高温灭菌比较适合肉制品，不适合乳制品。
在一定温度范围内，温度越低，细菌繁殖越慢；温度越高，繁殖越快（一般微生物生长的适宜温度为28℃—37℃）。但温度太高，细菌就会死亡。不同的细菌有不同的适生长温度和耐热、耐冷能力。巴氏消毒其实就是利用病原体不是很耐热的特点，用适当的温度和保温时间处理，将其全部杀灭。但经巴氏消毒后，仍保留了小部分无害或有益、较耐热的细菌或细菌芽孢，因此巴氏消毒牛奶要在4℃左右的温度下保存，且只能保存3~10天，多16天。