暖箱不够清洁容易对抵抗力很弱的新生婴儿造成健康危害，由于新生儿胎龄较小、体重较轻，机体免疫系统尚不完善，尤其是早产儿，免疫系统越差，越容易受到外界病菌入侵造成感染。器械的医源性接触等，都可能导致新生儿的医院感染。所以暖箱的清洁和消毒对于新生儿医院感染的防控起着举足轻重的作用。
特殊感染：传染病患儿使用暖箱根zui不同病原体选择消毒剂及消毒方法。血源性病原体（HIV、乙肝等）多重耐药菌感染，气性坏疽、朊毒体和不明原因感染的消毒，需要更高效率的终末消毒方式，可采用过氧化氢熏蒸法。
突发传染病病原体污染的暖箱处理应符合国家届时发布的规定要求。没有要求时，其消毒的原则为：在传播途径不明时， 应按照多种传播途径，确定消毒的范围和物品；按病原体所属微生物类别中抵抗力zui强的微生物，确定消毒的剂量（可按杀光芽孢的剂量确定）医务人员应做好职业防护。
暖箱在每天消毒处理的基础上，还需要每周进行一次彻底消毒，消毒的时候需要将暖箱完全的拆卸开，之后每一个零件都需要按照每天消毒处理的方式进行处理，zui后再将暖箱重新组装起来，暖箱消毒是一个长期而且必要的活。小婴儿如果不再住暖箱，离开之后，也需要彻底的消毒处理，迎接下一个小婴儿的入住。
目前医院进行暖箱消毒的时候都会把暖箱拆卸开，进行擦拭，比较费事费力，而目前新型专业的新生儿暖箱消毒设备：KV-BOX 灭菌仪，效率提升的同时也更加安全。
KV-BOX 灭菌仪，可能是世界上zui小巧的过氧化氢灭菌设备，采用高效过氧化氢为消毒液，真正无残留无腐蚀，具有广谱杀菌效果，可快速高效的杀灭6Log的水平细菌、病毒、芽孢等并不留死角，可便捷快速的对新生儿暖箱内部进行消毒工作，采用全球领先的多级雾化技术，可以在不利用压力的情况下产生接近气态的雾化效果。该成果已经申请多项专利，是目前能耗zui小、雾化颗粒zui均匀、扩散性zui好的过氧化氢灭菌设备。
1、体积小，可轻松放入，适用新生儿暖箱、生物安全柜、传递窗（舱）、隔离器等密闭腔体。
2、设备单掌可托，即开即用，体积小，高智能，拥有zui大程度使用便捷度。提升工作效率，同时解决传统方法的安全隐患
3、能够高效去除包括芽孢、多重耐药菌感染，气性坏疽、朊毒体在内的多种病菌。
4、喷射出过氧化氢粒径极小，灭菌后湿度无变化，无液滴附着，不会对暖箱产生腐蚀性。