南京海运到国内基本航线港口有：
防城—钦州—海口—湛江—肇兴—江门—珠海—中山—佛山—广州—东莞—深圳—汕头—厦门—泉州—福州上海—太仓—常熟—张家港—江阴—镇江—南京—武汉—连云港—日照—青岛—烟台—天津—秦皇岛—锦州—营口—大连—丹东。
１． 南方航线：
南京――黄埔、蛇口、中山、湛江、钦州、汕头、海口、厦门、泉州、福州、漳州等
２． 北方航线：
南京――天津、大连、营口、锦州、京唐、龙口、烟台、青岛、日照等
３． 长江航线：
南京――重庆、泸州、涪陵、万州、宜昌、荆州、城陵矶、武汉、九江、长沙， 南昌，连云港等主要港口。