药品经营许可证分两类：一种是零售连锁药店，此类药品经营许可证如今可以继续办理。
申请开办药品零售（连锁）企业的向市药品监督局、申请开办药品零售企业的向拟办企业所在地药品监督分局提出 筹建申请 （开办零售（连锁）企业的，需说明连锁的管理体制），并提交以下申请材料：
1．药品、医疗器械经营许可证管理系统企业端“企业筹建申请”（3.5寸盘）（申请人在网站下Z企业端程序并正确填报、导出）；
2．拟办企业法定代表人、企业负责人的学历证明、执业资格或职称证明原件、复印件及个人简历；
3．拟经营药品的类别和范围；
4．拟设营业场所、仓储设施、设备情况（附拟注册地址的地理位置图、平面图（注明面积），并注明与药品零售企业之间的Z短可行进距离）；拟设仓库地理位置图、平面图（注明面积、长宽高）；
5．开办零售（连锁）企业，还应提交所属各门店《药品经营许可证》、《营业执照》复印件以及资产相关证明；
6．申请材料真实性的自我保证声明，并对材料作出如有虚假承担法律责任的承诺；如需提交软盘的，一并作出如有病毒引起数据文件丢失自行负责的承诺；
7．凡申请企业申报材料时，申请人不是法定代表人或负责人本人，企业应当提交《授权委托书》2份；
8．按申请材料顺序制作目录。
另外一种就是药品批发公司用的药品经营许可证，这样的药品经营许可证目前几乎已经无法办理。对药品批发公司的硬件和软件都是很严格的要求，要求有冷库及专门的场地等等。所以目前此类药品批发公司的药品经营许可证是比较稀缺的的。