EM 菌是一种新型的复合微生物制剂，为棕色半透明状液体，pH 值在 3．5～4．5 之间， 由光合细菌、乳酸菌、酵母菌、放线菌、醋酸杆菌等微生物复合培养而成。 它有多种功能，概括起来主要有：促进动物生长、提高饲料的利用率、增强机体抗病性能、 去除粪便恶臭、改善生态环境等。 有人这样评价EM 菌：它是集经济、社会、生态效益于一身的优良生物制剂，它的推广和普及必将引起养殖业的一场变革。
一、EM菌的主要使用方法
1．池塘在春天注水后使用。鱼塘清塘后， 向塘里注水，667 平方米（1 亩）水面用 1～2 公斤水产EM 菌代替石灰均匀喷洒， 可达到净化水体的目的。 用时要注意两方面：一是要等到清塘药物毒性消失后喷洒；二是不能和石灰同时使用。
2．定期在池塘中使用。在鱼种放养后，667平方米用2公斤益富源水产专用菌液泼洒水面，开始15天1次，以后1个月1次， 若发现水质有恶化迹象，用量应适当增加。
3．投喂颗粒料时使用。 由于EM菌具有节省饲料、 降低成本、提高水产品品质等功能， 所以在投喂颗粒饲料时，可先用较高浓度的 EM 菌稀释液喷洒颗粒饲料，以喷湿为度，喷完后立即投喂。
4．鱼塘使用粪肥时使用。使用粪肥的同时施用 EM 菌， 效果会更佳，不但可以除氨去臭，还可以杀灭有害菌。
5．防治鱼病时使用。在鱼病季节到来之前，如“大麦黄”时，草鱼肠炎病流行， 此时若用 EM 菌拌饵， 能够预防鱼类肠炎病的发生流行。
二、使用 EM 菌时应注意的事项
1．EM菌不能与杀菌药物、抑菌药物同时使用，若要使用，应相隔 5 天以上。
2．EM菌应持续使用，一般间隔 15～30 天使用 1 次。
3．水质恶化、底质污染严重的要加量使用。
4．EM菌应在晴天上午使用，因为EM菌的活化和繁殖需要耗氧，防止造成池水缺氧。
5．EM菌应在常温下避光保存。