乙酸钠作为碳源时其反硝化速率要远高于甲醇和淀粉。其主要原因在于，乙酸钠为低分子有机酸盐，容易被微生物利用。而淀粉等高分子的糖类物质需转化成乙酸、甲酸、丙酸等低分子有机酸等较易降解的有机物，然后才被利用；甲醇虽然是快速易生物降解的有机物，但甲醇要转化成乙酸等低分子有机酸才能被微生物利用，所以出现了利用乙酸钠作为碳源比用淀粉、甲醇进行反硝化速度快很多的现象 。
同时，甲醇作为一种易燃易爆的危险品，当采用甲醇作为外加碳源时，其加药间本身具有一定的火灾危险性。当甲醇储罐发生火灾时，易导致储罐破裂或发生突沸，使液体外溢发生连续性火灾，危及范围较大，因此甲醇加药间对周边环境要求一定的距离。同时由于其挥发蒸汽与空气混合易形成性气体混合物，故其范围内的电力装置均须采用特殊设计。