1、作用时间短，杀菌效果好
微波特殊的传热方式，在短时间内利用热效应和非热生物效应对物料内外同时进行更深层次的杀菌。
2、 制品品质好
微波杀菌大限度的保持了原有物料的色、香、味和物理外和营养成份。
3、经济环保
微波杀菌不会产生污染和污染残留物，，操作安全简便 。
4、方便快捷
因大部分包装物对微波是"透明"的，可以对包装后的物料连同包装进行杀菌处理，减轻了劳动强度，操作方便、快捷。
微波灭菌有什么优点
1、时间短、速度快常规热力干燥杀菌是通过热传导，对流或辐射等方式将热量从物体表面传至内部。往往需要较长时间，物体内 部才能达到所需的干燥度和杀菌温度。介质由极性分子和非极性分子组成，电磁场作用下，这些极性分子从原来的随机分布状态转向依照电场的极性排列取向。而在高频电磁场作用下，这些取向按交变电磁的频率不断变化，这一过程造成分子的运动和相互摩擦从而产生热量。此时交变电场的场能转化为介质内的热能，使介质温 度不断升高，故微波加热是介质材料自身损耗电场能量而发热。所以微波加热处理时间大大缩短，在一定功率密度强度下，一般只要数十秒、几分钟即能达到满意效果。
2、低温干燥杀菌保持营养成份微波有热效应的快速升温和非热效应的双重杀菌作用，相比常规热力干燥、杀菌能在比较低的温度和较短的时 间就能获得所需的干燥、杀菌效果。一般杀菌温度在65—70。C，75—80。C或103—121。C里，时间在3—8分钟，且能保留更多的食品营养成分 和色、香、味、形等风味。
3、节约能源微波电能转换效率高，一般在70%以上。微波是直接对食品进行作用处理，加热箱体本身不被加热，因而不存在额外的热能损耗，所以节能省电，一般可节电30—50%。
4、均匀常 规热力干燥、杀菌是从物料表面开始，然后通过热传导传至物料内部。物料内外温度存在温差，内外干燥、杀菌效果 一致性差。为了保持风味，缩短处理时间，往往内部达不到足够温度而影响干燥、杀菌效果。采用提高处理温度可有所改善这一现象，然而这使物品表面的色、香、 味、形等品质下降。微波具有穿透性能，表面和内部同时作用，能保证内、外部温度一同达到要求值，所以干燥、杀菌均匀、。
5、便于控制、易实现自动化生产微波食品干燥、杀菌处理设备操作简单，便于控制，没有热惯性，能根据不同食品工艺规范要求进行处理，减少生产操作人员，降低生产成本。