一般像肉类熟食因为水分充足并且蛋白质等营养丰富会更容易滋生细菌。真空包装后不进一步灭一次菌，肉关熟食自身在真空包装前还是会带细菌，在低氧环境的真空包装内还是会造成肉类熟食的腐败。那么很多食品行业会选择会进一步进行工业微波灭菌机处理。这样处理过的食品会保存更久。
微波杀菌是微波热效应和生物效应共同作用的结果。微波对细菌膜断面的电位分布影响细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，生长发育受阻碍死亡。
从生化角度来看，细菌正常生长和繁殖的核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA）是由若干氢键紧密连接而成的卷曲大分子，微波导致氢键松弛、断裂和重组，从而诱发遗传基因或染色体畸变，甚至断裂。微波杀菌正是利用电磁场效应和生物效应起到对微生物的杀灭作用。实践证明采用微波装置在杀菌温度、杀菌时间、产品品持、产品保质期及节能方面都有明显的优势。
