酵素发酵中的微生物污染可以分为内源性微生物污染和外源性微生物污染两种类型。
内源性微生物污染是指发酵过程中存在的菌种之间的竞争或变异引起的微生物污染。如发酵过程中的微生物污染：
发酵车间，若环境及空气中存在有害微生物，将会对反应车间中的产品产生污染，影响其实际质量。
发酵设备及管道等清洗消毒不彻底，也会造成有毒杂菌的产生，从而造成微生物污染。
在发酵生产过程中添加的水或外加剂。
外源性微生物污染是指酵素发酵过程中被外界环境中的微生物所污染，可能来自原料、设备、工作人员等。
如原材料污染：酵素发酵制作过程中使用的原材料可能受到微生物的污染，水果蔬菜表面微生物多样性十分丰富，发酵过程中，除了参与发酵的酵母菌或乳酸菌，不排除有其他杂菌或致病菌。如果原材料没有经过适当的处理和消毒，就可能导致杂菌或致病菌混入，其中的微生物就有可能会繁殖并导致菌落总数超标。
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