洁净医学实验室的设计应该从工艺设计开始，充分了解实验各个工艺环节、先后顺序、技术要求、废物排放，通过合理的工艺设计为洁净医学实验室的建设打下坚实的基础。
1.要详细了解洁净实验室的操作对象的特性、对实验人员和环境有无危害。
2.要充分了解实验流程的各个环节及其对环境的要求。
3.无菌实验室常用的实验仪器有：恒温培养箱、二氧化碳培养箱、普通冰箱（冰柜）、低温冰箱（冰柜）、超低温冰箱（冰柜）、摇床、离心机、超净工作台、层流罩等。
4.PCR实验室（基因扩增实验室）常用的实验仪器有：普通冰箱（冰柜）、低温冰箱（冰柜）、超低温冰箱（冰柜）、离心机、电泳槽、PCR仪、超净工作台、通风橱、生物安全柜、等。
5. PET中心（正电子发射计算机断层显像中心）常用的实验仪器有：热室分装箱。
6.生物安全实验室常用的实验仪器有：恒温培养箱、二氧化碳培养箱、普通冰箱（冰柜）、低温冰箱（冰柜）、超低温冰箱（冰柜）、摇床、离心机、洗板机、酶标仪、电泳槽、程序降温系统、超净工作台、生物安全柜、层流罩、可移动式消毒锅、单扉消毒锅、双扉消毒锅等
7.要详细了解各实验单元之间的压力状况，详见洁净医学实验室的技术指标部分。
8.要详细了解实验仪器的配电要求、配气要求、排风要求、送风要求、上下水要求。
9.生物安全实验室设计要充分了解生物因子的危险等级，根据不同的危险等级选择不同的防护装备、设计相应的防护设施、选择适宜的建筑、结构、空调、上下水、配电及自动控制设施。
10.洁净医学实验室要设计好三类流线：人员流线、洁物流线、污物流线。尽可能做到人员流线和货物流线分开，尤其是洁物入口、污物出口和人员进出口需要分开设置。
11.在建筑面积有限的场所物流出入口可采用传递窗代替。
12.三级和四级生物安全实验室的人流路线的应符合空气洁净技术关于污染控制和物理隔离的原则。
13.无菌室、PCR实验室和PET中心所采用的传递窗可以设普通的传递窗，传递窗内设置紫外消毒灯。
14.生物安全实验室所采用的传递窗需要根据不同的实验室等级和传递窗的安装部位确定，实验区对外的传递窗密封性要好，并且可以自带洁净、消毒功能，实验区内部的传递窗可以采用普通传递窗。
