市政行业（桥梁工程）专业设计甲级资质公司在面临高速公路桥梁设计中地形地貌复杂性的问题时，需要采取一系列专业且有针对性的措施来解决。
首先，深入的地质勘察是必不可少的。地形地貌的复杂性往往伴随着地质条件的多样性和不确定性，因此，公司应组织专业的地质勘察团队，通过钻探、物探等手段，全面了解桥址区的地质构造、地层分布、岩性、地下水等情况，为桥梁设计提供准确的地质资料。
其次，应采用先进的设计理念和技术手段。在复杂地形地貌条件下，传统的桥梁设计方案可能难以满足实际需求。因此，公司应积极探索和应用新的设计理念和技术手段，如采用大跨径桥梁结构、预应力技术、智能化监控等，以提高桥梁的跨越能力和安全性。
此外，加强方案比选和优化也是关键。在设计过程中，公司应充分考虑地形地貌的影响，对多个设计方案进行比选，选择最优方案。同时，还应通过精细化设计，优化桥梁的结构形式和布局，降低施工难度和成本。
最后，加强与相关方的沟通协调也是必不可少的。地形地貌的复杂性往往涉及到多个利益相关方，如当地政府、居民等。因此，公司应加强与这些相关方的沟通协调，充分听取他们的意见和建议，确保设计方案的顺利实施。
综上所述，市政行业（桥梁工程）专业设计甲级资质公司在面对高速公路桥梁设计中地形地貌复杂性的问题时，应采取深入的地质勘察、先进的设计理念和技术手段、方案比选和优化以及加强与相关方的沟通协调等措施，以确保设计方案的科学性、合理性和可行性。