在大型批发配送中心设计项目中，商物粮行业（批发配送与物流仓储工程）专业设计甲级资质公司面临物流流程设计的挑战时，需采取一系列专业措施确保设计的合理性和高效性。
首先，公司应深入调研客户的业务需求和市场环境，明确配送中心的定位和功能。这包括对商品种类、数量、运输方式等信息的全面收集与分析，以确保物流流程设计与实际需求相匹配。
其次，设计团队需结合现代物流技术和设备，进行流程优化。这包括利用先进的仓储管理系统、自动化分拣设备、智能搬运机器人等技术手段，提高物流运作的效率和准确性。同时，合理规划仓库布局，确保货物能够快速、顺畅地进出。
此外，公司还应注重环保和可持续发展。在设计过程中，应充分考虑节能减排、资源循环利用等方面，采用绿色建筑材料和节能设备，降低对环境的影响。
最后，公司应加强与客户的沟通与协作，及时反馈设计进度和存在的问题，确保设计方案能够顺利实施。同时，根据客户的反馈和市场变化，及时调整和优化设计方案，以满足客户的长期需求。
综上所述，商物粮行业专业设计甲级资质公司在大型批发配送中心设计项目中，应通过深入调研、流程优化、环保可持续以及加强与客户沟通等措施，确保物流流程设计的专业性和高效性。