常见的益生元有：低聚果糖、低聚麦芽糖、低聚半乳糖、乳果糖、菊粉等等。
益生元是一种膳食补充剂，可以刺激一种或者少数的细菌生长与活性，对机体产生有益的影响。通常认为益生元是给益生菌提供的食物，益生元能够被肠道内的有益细菌分解、吸收，有利于有益细菌的生长繁殖，双歧因子其实就是促进肠内双歧杆菌生长的益生元。
益生元和益生菌都会影响肠道菌群的平衡，但是影响方式却不同。益生元和益生菌的关键区别在于益生元作用于本来就已经存在的肠内菌群，而益生菌是外部添加的细菌。益生元是以未经消化的形式进入胃肠道内，通过降低酸性来促进双歧杆菌等有益菌生长。因此，益生元其实是一种膳食补充剂，给益生菌提供食物，能够调节菌群，有益于益生细菌的生长与繁殖。