归口部门不同
科技型中小企业：科技型中小企业评价办法由科技部、财政部、国家税务总局研究制定，是指依托一定数量的科技人员从事科学技术研究开发活动，取得自主知识产权并将其转化为高新技术产品或服务，从而实现可持续发展的中小企业。
创新型中小企业：创新型中小企业评价由工信部研究制定，是指具有较高专业化水平、较强创新能力和发展潜力的企业，是优质中小企业的基础力量。
直通车认定条件
科技型中小企业
1.高企：企业拥有有效期内高新技术企业资格证书;
2.科技奖：企业近五年内获得过科技奖励，并在获奖单位中排在前三名;
3.研发机构：企业拥有经认定的省部级以上研发机构;
4.标准：企业近五年内主导制定过国际标准、国家标准或行业标准。
创新型中小企业
1.科技奖：近三年内获得过、省级科技奖励;
2.高企、示范企业、知产优势企业及示范企业：获得高新技术企业、技术创新示范企业、知识产权优势企业和知识产权示范企业等荣誉(均为有效期内);
3.研发机构：拥有经认定的省部级以上研发机构;
4.股权融资：近三年内新增股权融资总额(合格机构投资者的实缴额)500万元以上。
非直通车条件
科技型中小企业三大指标累计得分达到60分以上，且科技人员指标得分不得为0分。
创新型中小企业三大指标累计得分达到60分以上，但其中创新能力指标得分不低于20分、成长性指标及专业化指标得分均不低于15分。
重点：
科技型中小企业和创新型中小企业均要求综合评价所得分值不低于60分，但是限制性要求上有所差异。
从指标数量来看，科技型型中小企业评价指标具体包括科技人员、研发投入、科技成果三类;创新型中小企业评价指标包括创新能力、成长性、专业化三类六个指标。
从指标设置来看，科技型中小企业和创新型中小企业非直通车条件均关注知识产权数量、研发费用占比。
此外，创新型中小企业非直通车认定条件还侧重关注企业主营业务收入情况、资产负债情况和企业所属行业情况。而科技型中小企业非直通车认定条件则侧重关注科技人员数量。