抑制病菌生长：枯草芽孢杆菌能在土壤中快速繁殖，成为优势菌，有效抑制土壤中其他病菌的生长和繁殖，预防土传病害的发生。
杀菌作用：枯草芽孢杆菌在繁殖过程中，能够产生枯草菌素、多粘菌素、制霉菌素、短杆菌肽等活性物质，这些活性物质对会致使致病菌菌丝断裂、解体或细胞质消解，达到杀灭病菌的作用，有效防治病菌对作物的危害。
改善土壤结构：枯草芽孢杆菌能利用土壤中的腐殖质进行大量繁殖，分解土壤中的有机质，不仅能增加土壤中有效养分，还能改善土壤结构，防止土壤板结。
促进作物生长：枯草芽孢杆菌在繁殖过程中，还能产生多种激素类物质和各种维生素，不仅能提高土壤养分含量，还能促进作物生长，提高产量，改善农产品品质。
抗拮作用：使用枯草芽孢杆菌可高抗重茬，它在生长期间可以分泌细菌素、有机酸类物质、脂肽类化合物，这些物质可以抑制病原菌的生长，或将其溶解。枯草芽孢杆菌分泌出来的“几丁质酶抗菌蛋白”可抑制多种植物病原菌。枯草芽孢杆菌可通过争夺空间、养分等方式达到对致病菌的竞争性抑制。
调节生长：枯草芽孢杆菌在繁殖过程中，可产生类似植物生长激素、细胞分裂素的物质，比如增加赤霉素、吲哚乙酸等内源激素的含量，降低脱落酸的含量，这对植物的生长具有促进作用，还有助于植物抵抗病原菌的侵染。
提高作物品质：枯草芽孢杆菌在土壤中定殖后，会产生大量的植物激素和有机酸，刺激根系的生长，改良土壤质量，促进作物生理代谢，形成良性的植物-土壤-微生物生态系统，从而有效提高作物品质
