在南阳市申请乙级测绘资质所需的时间可能会因多种因素而有所不同，包括但不限于申请材料的准备情况、审批机关的工作效率以及是否需要补充材料等。如果所有申请材料齐全且符合要求，办理时间大约可以在一个半月到两个月左右完成。
具体流程和时间可能如下：
1. **材料准备阶段**：这个阶段的时间取决于申请单位自身的准备工作，包括收集和整理所需的文件、证明材料等。如果申请单位对流程熟悉，准备充分，这个过程可以相对缩短。
2. **提交申请**：一旦准备好所有材料，就可以向相关部门提交申请。从提交申请到初步审查通常需要5个工作日内作出受理决定。
3. **正式审批**：受理后，审批机关应在20个工作日内做出行政许可决定。如果不能按时完成，经批准可以延长10个工作日，并需告知申请单位理由。
4. **公示与反馈**：审批通过后，相关信息会在上公示5个工作日。如果没有异议，或者有异议但经过核实无误，则会颁发资质证书；如果有问题，还需要额外的时间进行处理。
综上所述，在一切顺利的情况下，从提交申请到最终获得乙级测绘资质证书大概需要约两个月的时间。不过，请注意实际情况可能会有所变化，建议联系当地自然资源和规划局获取的办理时间和流程指导。