使用高频电子垢处理仪之后，通过辅机的水，在强高频电磁场的作用下，被极化、振荡、撕裂， 部分水分子被电离成氢离子和氢氧根离子，氢氧根离子能使碳酸氢钙发生水解反应，生成氢氧化钙、水和二氧化碳，氢氧化钙在水中的溶解度较高（相对碳酸氢钙而言），不会分解沉淀，这就是变频电子除垢器的防垢原理。
     此外，高频水垢处理仪还具有显著的杀菌灭藻功能，强高频电磁场破坏了它们的有机体，一般杀菌率在98%以上，灭藻率100%.