离子交换水处理设备在运行时，值班人员应当随时检查设备的运行情况，按运行要求调整进水流量，注意观察各种仪表的指示是否正常，要按照规定的时间间隔和项目测试出水质量，使其稳定在要求的标准以内。同时，还要注意监测树脂床的运行状态，如树脂有无流失、偏床等现象，发现问题要及时查明原因进行处理，以确保安全生产。
设备在进行再生过程时，值班人员一定要做到身不离设备。反洗过程中，要严格掌握反洗流速(从慢到快)和交换剂层的膨胀情况，注意观察反洗终点。
再生过程中，要防止再生前将交换器内的水排出过多，使空气进入交换剂层中，但是也不能使交换剂层上部残留水过多，以防止过分地稀释再生剂。
在往设备注入规定浓度和数量的再生剂时，要控制好选定的再生流速。在配制再生剂和检查再生系统工作的过程中，要注意人身和设备的安全。
清洗过程中，要严格掌握流速和清洗终点。
在运行中，除注意上述事项外，还应当经常观察和检验树脂是否有“中毒’’或破碎的情况，每年应当定期去除破碎树脂，补充新鲜树脂。对于“中毒"树脂要及时进行处理。