这种方法采用真空、干燥、低温等手段，使菌种新陈代谢活动处于相对静止状态，在低温下快速冷冻，又在低温下真空干燥，而使菌细胞的结构与成分保持原来状态而保存菌种。还有沙土保存法、液氮超低温保藏法、滤纸片保存法、菌丝球生理盐水保藏法、麦粒保藏法、干孢子真空保藏法等。这里不一一介绍。要根据自己的工作需要及具体条件而定。一边保存，一边还要分离，复壮，做好选育工作，延续菌种的忧良性能。原种和栽培种培养好后，应立即用于扩接栽培种或栽培生产，不宜保存过久，时间越长，生活力越差，也越容易感染杂菌。若因特殊情况不能及时使用，原种瓶口用牛皮纸包好，置4～14℃条件下可保藏一年左右。栽培种短期保存也可放于阴凉、干燥通风的室内但种瓶不宜堆叠过高，以免堆内发热，加速菌丝老化。
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