首先将船舶移动至作业区域，然后利用液压系统将船尾的耙臂及船两侧的耙臂下放至水底，耙头抓紧泥土，作业时可根据下挖深度调整耙头的角度。待耙臂完全下放至水底后，开动船舶向前缓慢移动，耙头在船体的带动下向前耙行，将水底的淤泥疏松。这时候安装在耙头上的吸泥管会将耙松的淤泥吸走。淤泥顺吸泥管道到达吸泥泵，让后经排泥管道排出。
一般耙吸式挖泥船都设有蓄泥仓，抽取上来的淤泥会排在这里。当蓄泥仓的淤泥堆满后，耙吸式挖泥船会停止工作，并收起耙臂，移动至排泥区域，然后将淤泥排出。耙吸式挖泥船的排泥方式有两种，一种为下排式，即从船底打开舱门将淤泥排出。另外一种是利用卷扬泵将淤泥吹扬至排泥区，一些大功率的吹扬泵可将泥浆扬至几百米之外，工作能力十分惊人.