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了解玛咖的人一定都知道玛咖有四种颜色，黑、紫、白、黄，颜色不同，价位也不相同。
那么究竟为什么玛咖会有四种颜色？到底哪种颜色的玛咖呢？来自秘鲁玛咖科研人员、美国玛咖科研人员、巴西玛咖科研人员等都曾经对什么颜色的玛咖好有不一致的描述。成熟的玛咖根直径在2cm-8cm，是玛咖主要食用部分，玛咖根的水分含量比较大，而玛咖根的外表颜色为乳黄色，但是这种颜色并不固定，由于产地、基因型的不同会产生各种各样的颜色，像黄色、白色、微黄色、白色略带桃色、白色略带紫色、灰色、红色、黑色等。
到底哪种颜色的玛咖呢？好多玛咖专家都提出黑色、紫色的玛咖有效成分含量比较多，认为黑色玛咖、紫色玛咖是非常优质的，而黄色玛咖和白色玛咖则显得比较劣质。对此玛咖专家们用玛咖中玛咖烯、玛咖酰胺、牛磺酸的含量来比较的，其中玛咖烯和玛咖酰胺具有调节人体激素分泌的功效，而牛磺酸可以增强人的抗疲劳能力，通过这三种成分对比，得出黑色玛咖、紫色玛咖优于其他两种颜色玛咖的结论。而玛咖种植专家则对这一结论提出了质疑：玛咖已经经过几千年的进化，现在变种非常严重，而纯粹的某种颜色的玛咖分辨非常的艰难，用颜色来辨识玛咖的质量是不是显得非常艰难呢？而且对于普通玛咖消费者而言，这是不可能完成的任务。
到底哪种颜色的玛咖呢？中文最权威的玛咖百科知识平台主编张先生认为：我国在2002年引入玛咖种植后，玛咖逐渐在国内升温，仅从2013年至2014年一年间玛咖百度指数从原来的800多跃升到目前的7000多，几近10倍，这说明国内正在日益关注这种新资源保健食品，而正是对于这种食品的关注，行业内造假的问题也日益凸显，对于“哪种颜色的玛咖”这样的问题则更多是出于买第一代玛咖产品的消费者，主要是买玛咖干片、玛咖干果、玛咖粉。
如果单纯的从玛咖颜色来判定玛咖的质量，则可以粗略的认为黑色玛咖最优，其次是紫色玛咖，其次是黄色玛咖，最差的是白色玛咖，而这方法只适用于对玛咖干片和玛咖干果质量的判定，对于玛咖粉并不适应，有些商家为了以次充好，常常会用萝卜、蔓菁磨成粉来充当玛咖粉，常常让消费者难以识别。