功能模块独立性是通过制定具有单一功能并且和其他功能模块没有过多联系的功能模块来实现的。每个功能模块只涉及该软件要求的一个具体子功能，而且与软件结构的其他部分的接口是简单的。比如，五四络科网所运用到的功能模块在一定程度上就克服了传统建站的弊端，可以从根本上建立一个完全独立的网站，具体表现在：五四络科建站所生成的数据库是独立的，也就意味着可以移植到其他服务器平台上，从而解决生成的网站不能迁移的难题；五四络科建站平台可以让生成的网站互不干涉，相互独立，进而提高了系统的安全性；有建站需求的客户往往趋向于个性化，可以在五四络科建站的基础上进行二次开发；在管理上网站也是独立的，管理员可以给网站开通独立的FTP权限，在管理网站时不会影响到其他网站，迁移出去也很方便。
功能模块独立性好的软件接口简单，易于编制，独立的功能模块也比较容易测试和维护，限制了功能模块之间由于联系紧密而引起的修改副作用。独立性是保证软件质量的重要因素。
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